实验室简介
21世纪是生命科学的世纪，现代医学正迅速走向精准化和智能化时代。大数据分析、生物信息、基因组测序、人工智能等技术结合发展为智能精准医学提供坚实的数据基础和高效的技术手段。生物、医学、临床大数据的整合、注释、分析、挖掘和应用是精准医学研究链条中不可或缺的重要环节。随着PB量级基因组学数据的产生和积累，以生命组学为基础的医学研究同时具有数据密集型和计算密集型特性，必须依托大规模计算和存储平台来实现。我们的研究兴趣正是基于生物医学大数据，用生物信息、大数据和人工智能等手段，开发新型算法，整合、注释、挖掘大数据，构建大数据库群，建立智能软件系统和应用大平台，支撑精准医学的研究和精准医疗的发展。
研究方向
- 基于单细胞组学的人体细胞图谱构建与复杂疾病诊疗应用
- 人工智能在生命组学和医学大数据的研究与应用
- 精准医学大数据的关键信息技术研发与整合
项目资助
- 主持2021年国家重点研发计划（数字化细胞参照系研究、建设与示范应用）项目“多器官细胞全息图谱建设与疾病诊疗应用 ”（423万，2021-2024）
- 主持2016年国家重点研发计划（精准医学重点专项）课题“精准医学大数据的整合与注释”（500万，2016-2020年）
- 主持国家自然科学基金面上项目“组学数据反向检索（2018-2019年）
- 承担国家重点研发计划课题“精准医学大数据分析应用方法体系”（2018-2021年）
- 主持广东省自然科学基金项目：光镜图像中胚胎细胞的人工智能识别方法与胚胎发育无创评估系统 （2021–2023）
团队介绍
李伟忠课题组面向精准医学的需要，利用分布式网络大平台、大型数据库群、大数据深度学习等技术手段，主要研究生物大数据分析大平台、生物信息工具与软件流开发、数据知识库构建、生物医学大数据的快速精确检索与深度智能挖掘等。曾设计和实施欧洲生物信息研究所以大数据高性能计算为基础的核心生物信息分析大平台；建立了全球最完整的生物专利序列数据库；创新性设计开发的蛋白精确迭代检索引擎 PSI-Search，新版软件的精确度超过著名同类软件NCBI PSI-BLAST的近20倍。深度参与国际重大生物信息项目，如国际蛋白数据库 UniProt、国际核酸数据库 ENA/GenBank、基因组数据库 Ensembl Genomes、多序列比对工具 Clustal Omega、大分子功能注释工具InterProScan 等，为世界范围的生物医学大数据建设和共享作出了积极贡献。
最新进展
近期活动
- Minglei Yang, Chenghao Lin, Yanni Wang, Kang Chen, Yutong Han, Haiyue Zhang, Weizhong Li#, Cytokine storm promoting T cell exhaustion in severe COVID-19 revealed by single cell sequencing data analysis, Precision Clinical Medicine, Volume 5, Issue 2, June 2022. 点击跳转
- Chen Y, Yang H, Cheng Z, Chen L, Peng S, Wang J, Yang M, Lin C, Chen Y, Wang Y, Huang L, Chen Y, Li W#, Ke Z#. A whole-slide image (WSI)-based immunohistochemical feature prediction system improves the subtyping of lung cancer. Lung Cancer. 2022 Jan 10. 点击跳转
- Yang H, Chen L, Cheng Z, Yang M, Wang J, Lin C, Wang Y, Huang L, Chen Y, Peng S, Ke Z#, Li W#. Deep learning-based six-type classifier for lung cancer and mimics from histopathological whole slide images: a retrospective study. BMC Med. 2021 Mar 29;19(1):80. PMID: 33775248. 点击跳转
- Zhang W#, Zeng B, Lin H, Guan W, Mo J, Wu S, Wei Y, Zhang Q, Yu D#, Li W#, Chan GC#. CanImmunother: a manually curated database for identification of cancer immunotherapies associating with biomarkers, targets, and clinical effects. Oncoimmunology. 2021 Jul 16. 点击跳转
- 实验室在GPB杂志发表文章"MicroPhenoDB Associates Metagenomic Data with Pathogenic Microbes, Microbial Core Genes, and Human Disease Phenotypes" (2021) Download...
- 实验室在JMB杂志发表文章"ncRNAVar: A Manually Curated Database for Identification of Noncoding RNA Variants Associated with Human Diseases" (2020) Download...
- 实验室在RNA Biology杂志发表"ncRPheno: a comprehensive database platform for identification and validation of disease related noncoding RNAs" (2020 Mar) Download...
- 实验室在DATABASE杂志发表文章"Combined alignments of sequences and domains characterize unknown proteins with remotely related protein search PSISearch2D" (2019 Jun) Download...
- 实验室在 Briefings in Bioinformatics杂志发表文章“Computational resources associating diseases with genotypes, phenotypes and exposures.”(2018 Aug) Download...
Citation details: Yang,M., Zhang,W., Yao,G. et al. Combined alignments of sequences and domains characterize unknown proteins with remotely related protein search PSISearch2D. Database (2019) Vol. 2019: article ID baz092;
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- 本实验室从事面向精准医学大数据的生物信息学研究，长期招收具有计算机、生物、医学背景的本科生、硕士生、博士生、博士后、助理研究员以及研究员，欢迎有志于精准医学研究的同学和同行加入！learn more...
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